В CRM системе несколько складов нужно в том случае когда товар находится на разных складах и при оформлении заказа можно выбрать с какого склада будет списание товара.

Склад, в котором нет необходимости, можно убрать в неактивный, тогда он не будет отображаться.

Нужно учитывать, что при оформлении одного заказа нет возможности списания товаров с разных складов.
SITNIKS CRM для склада поможет вам избежать проблем в контроле остатокв.